لم يكتب أحدٌ حتى الآن دراسة وافية عن حياة الشيخ محمد الخليلي بالرغم من أنه يُعدُّ من مشاهير الصوفية في فلسطين في النصف الأول من القرن الثامن عشر، إضافة إلى كونه مفتيًا للشافعية في مدينة القدس مدة تزيد على أربعين عامًا، وسنقوم في هذه الدراسة بعرض حياة الشيخ وفترته من خلال المصادر المحدودة التي تعرضت لذكره، بالرغم من أن المعلومات التي ذكرتها هذه المصادر مكررة بصورة أو بأُخرى، ولا تسعفنا بالكثير عن حياته، حيث أنّها ترجمت له بعدة صفحات أحيانًا، وأكثرها اقتصر على إيراد أشعاره الصوفية، وقسم من المعلومات الواردة عنه تتعلق بقصص وكرامات تقترب من الأساطير.